Génome

Nature Genetics (2023)Citer cet article

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L’hyperphagie boulimique (BED) est le trouble de l’alimentation le plus courant, mais son architecture génétique reste largement inconnue. L’étude du BED est un défi car il est souvent comorbide avec l’obésité, un trait commun et hautement polygénique, et il est sous-diagnostiqué dans les ensembles de données des biobanques. Pour remédier à cette limitation, nous appliquons une approche d'apprentissage automatique supervisé (en utilisant 822 cas d'individus diagnostiqués avec un BED) pour estimer la probabilité que chaque individu ait un BED sur la base des dossiers médicaux électroniques du programme Million Veteran. Nous effectuons une étude d'association à l'échelle du génome d'individus d'ascendance africaine (n = 77 574) et européenne (n = 285 138) tout en contrôlant l'indice de masse corporelle afin d'identifier trois locus indépendants proches des gènes HFE, MCHR2 et LRP11 et suggérons que l'APOE constitue un risque. gène pour BED. Nous identifions l'héritabilité partagée entre le BED et plusieurs traits neuropsychiatriques et impliquons le métabolisme du fer dans la physiopathologie du BED. Dans l’ensemble, nos résultats fournissent un aperçu de la génétique sous-jacente au BED et suggèrent des orientations pour de futures recherches translationnelles.

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Les statistiques récapitulatives BED GWAS à partir des données MVP sont disponibles sur dbGaP (numéro d'accès phs001672). Pour les ensembles de validation externes pour l'analyse d'héritabilité partitionnée, nous avons utilisé des régions de chromatine ouvertes provenant d'un modèle de stimulation du bêta-estradiol de cellules érythroïdes murines (numéro d'accès GEO GSE114996), un atlas de chromatine ouvert de cerveaux humains adultes (numéro d'accès GEO GSE147672) et un atlas ouvert de chromatine de cerveaux humains adultes (numéro d'accès GEO GSE147672). atlas de la chromatine des organes humains en développement (https://descartes.brotmanbaty.org/bbi/human-chromatin-during-development). Pour obtenir des statistiques récapitulatives GWAS pour les analyses de corrélation génétique, voir le projet IEU Open GWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk).

Les logiciels utilisés dans cette étude comprenaient les programmes suivants : EIGENSOFT v.6 (https://github.com/dreichlab/eig) ; FUMA v.1.3.7 (https://fuma.ctglab.nl) ; GCTA v.1.93.2 (https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Overview) ; KING v.2.0 (https://www.chen.kingownedness.com) ; Régression du score LD v.1.0.1 (https://github.com/bulik/ldsc) ; liftOver v.1.2.0 (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver) ; Minimac v.3 (https://genome.sph.umich.edu/wiki/Minimac3) ; Méta-analyse multi-ascendance (https://github.com/JonJala/mama) ; PheMED (https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/PheMED) ; PRS-CS (https://github.com/getian107/PRScs) ; SuSiE tel qu'implémenté dans echolocatoR72 (https://github.com/RajLabMSSM/echolocatoR).

Mitchell, KS et coll. Hyperphagie boulimique : une enquête au niveau des symptômes sur les influences génétiques et environnementales sur la responsabilité. Psycholique. Méd. 40, 1899-1906 (2010).

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Reichborn-Kjennerud, T., Bulik, CM, Tambs, K. & Harris, JR Influences génétiques et environnementales sur l'hyperphagie boulimique en l'absence de comportements compensatoires : une étude jumelle basée sur la population. Int. J. Manger. Désordre. 36, 307-314 (2004).

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